В 60-х годах 19 века независимо друг от друга в трёх частях России (Санкт-Петербург, Кавказ, Украина) зародилось новое течение – Евангельских христиан. В конце 19 века из Петербурга в Томск приехало несколько миссионеров, которые основали здесь церковь Евангельских христиан. В начале 20 века в одну из деревень Томской области переехала семья христиан-баптистов. Какое-то время эти два течения существовали отдельно друг от друга, и мы ничего не знаем об их дальнейшем развитии.
В 1909 году в Новосибирске обратилась к Господу Улитина Мария Яковлевна. Приехав в Томск, она нашла верующих: Зайцева Марка Степановича и Ряшкина Ивана Васильевича. Это была первая группа (община) в Томске евангельских христиан-баптистов (ЕХБ). В справке, выданной Томским Горсоветом в 1924 г., указано, что община ЕХБ существует с 1917 года. До 1924 г. она существовала без регистрации, однако информировала местные власти о своей деятельности. В заявлении от 21.03.1924 г. Совет общины пишет: «Томская община Баптистов сим заявляет, что молитвенные собрания, проводившиеся ранее по улице Магистрацкой 4 [сейчас ул. Розы Люксембург] теперь будут проходить по улице Мало-Кирпиной 41 в следующие дни: по воскресным дням с 10-00 и 18-00». В 1920-е годы церковь продолжала расти, трудиться. Проповедь Евангелия встречала преграды со стороны властей, проповедников арестовывали. Слава Богу, Господь благословлял и хранил свою церковь. По просьбе общины Губисполком 29.09.24 принял постановление о регистрации общины ЕХБ в Томске. Общиной были избранны: пресвитер – Грушко Лука Андреевич, председатель – Колупаев Фёдор Фёдорович, кассир – Самойлов Семён Степанович. К 1925 году Томская церковь насчитывала 50 членов, получила разрешение на постройку дома молитвы. По воспоминаниям Есфи́ри Фёдоровны Колупаевой, 26 июля 1926 года произошло освещение дома молитвы по улице Никольской, 31 [сейчас Алтайская]. В собрании по этому поводу участвовал как взрослый, так и детский хор, музыкальное служение тогда нёс Шепурев Сергей Давидович, который ранее работал в ленинградском оперном театре. К 1937 году церковь количественно сильно увеличилась. Во времена сталинских репрессий наши верующие не отрекались от Бога даже под страхом смерти. Ярким примером стойкости были Фель Юлия Сигизмундовна и Кузнецова Анна Степановна. Они были исключены из медицинского института и отсидели по 10 лет в лагере в Воркуте. В 1937 году Дом молитвы был закрыт, но братья и сёстры с верой просили Бога, и разрешение властей на открытие Дома молитвы было получено 12.02.1938 г.
До 1941 г. пресвитером и секретарём общины был Морозов Пётр Иванович. Трудности послужили поводом к объединению Баптистов и евангельских христиан. Так появилась Томская община евангельских христиан и баптистов. Период войны был сложным, братьев не было, многие из них были расстреляны за отказ брать в руки оружие. Режим по отношению к верующим смягчился в 1944 г., т. к. союзниками было поставлено условие: второй фронт будет открыт, если в СССР будет провозглашена свобода совести и собраний. С 1944 г. пресвитером был Старостин Ефим Павлович. В 1945 году Томская община состояла из 73 человек, членами совета в основном были сёстры (Пузака Нил Антонович, Шпелёвых Дарья Яковлевна, Колупаева Мария Александровна, Куренбина Наталья Афанасьевна), они и проповедовали. К 1949 г. церковь насчитывала 186 членов и 80 приближающихся. После войны власти ввели должность уполномоченного, который должен был присутствовать на всех богослужениях, не допускать присутствия детей, критики политического режима. С 1950 года служение пресвитера нёс Лоскутов Иван Леонтьевич. Численность томской церкви возросла до 266 человек. В 1954 году был проведён капитальный ремонт Дома молитвы. В 1964-ом временное служение пресвитера нёс Стальмаков Роман Сергеевич, а с 1965 года это служение принял Орлов Василий Тихонович. С 1964 года в Томской церкви по просьбе братьев и сестёр немцев служение велось также и на немецком языке.
К началу 60-х годов (в эпоху правления Н.С. Хрущёва) власть вновь обеспокоилась сильным распространением религии в стране. КПСС выдвинула программу построения коммунизма, одним из пунктов которой было «окончательное преодоление религиозных предрассудков». Проводились показательные «антисектантские» процессы. Многие христиане были арестованы и отбывали заключение. Но к середине 60-х преследования верующих прекратились. Были избраны братья на дьяконское служение – Вайс А.К., Загуменов А.А. Так как никто из служителей не имел духовного образования, то в 1966 г. на библейские курсы в Москву был отправлен пресвитер церкви Орлов В.Т. В 70-х годах совершали служение братья: Вайс А.К., Кенин В.К., Савчук Ф.С., Рыбкин Н.А., Малышев П.Д., Нейфельд П.А., Регер Д.Я., Тарасов С.С., Кривошеин Н.Д., Регер И.Я.
Недавно отошедший в вечность Андрей Карлович Вайс рассказывал: «Когда в 1976 году я принял пресвитерское служение, меня вызвал к себе уполномоченный по религиозным культам Томской области, поздравил с новым служением, спросил как дела на работе, в семье, затем последовали следующие требования: … детям участвовать в богослужении запрещается; проповедникам из других городов запрещается проповедовать в церкви; деятельность пресвитера за пределами церкви запрещается. Все эти условия были нарушением Слова Божьего, ни одного из них я не выполнял. Немало приходилось выслушивать обвинений и угроз. Бог давал терпение и мудрость в общении с этими людьми». С 1979 года начала работать воскресная школа, с детьми занималась Надрина Зинаида Петровна.
В 1982 году проводился капитальный ремонт церкви. А.К. Вайс рассказывал, что когда был начат ремонт, финансов у церкви было мало, когда же его закончили, в церковной кассе денег было больше, чем в начале ремонтных работ. Так Бог располагал сердца людей оказывать материальную поддержку.
В 1992-93 гг. проводилась больша́я евангелизация, которую организовал брат Виктор Крель. Был арендован теплоход, маршрут которого проходил по Оби, Томи и Иртышу. Евангелизация охватывала Новосибирскую, Кемеровскую, Томскую области и Алтайский край. На теплоходе находилось 200 миссионеров, томскую группу возглавлял Ткачук Богдан Степанович. После евангелизации численность молодёжи в церкви увеличилась, церковь стала самостоятельно проводить подобные мероприятия в области.
В 90-е годы рухнула система государственного устройства, распался Советский Союз. На фоне экономического кризиса, обнищания населения началась эмиграция. Многие из нашей церкви уехали в Германию. Но и тогда Господь не оставил Свою церковь. На пожертвования зарубежных немецких братьев в 1995 году был приобретён второй молитвенный дом, где пресвитером стал Ткачук Богдан Степанович.
В 1997 году на пресвитерское служение в Томской Центральной церкви был избран Таранов Сергей Васильевич, принявший служение от А. К. Вайса. 2001 год ознаменовался созданием самостоятельного Объединения церквей ЕХБ Томской области. До этого церкви ЕХБ Томской области входили в Объединение церквей Новосибирской, Кемеровской и Томской областей. Таранов С. В. был избран первым в истории томского братства старшим пресвитером (епископом) Объединения церквей ЕХБ Томской области. В состав Объединения вошли 6 церквей и 8 групп ЕХБ.
С избранием Таранова С. В. на служение старшего пресвитера, в Центральной церкви пресвитерское служение начал совершать Нейфельд Владимир Петрович.
На сегодняшний день в первой Томской церкви ЕХБ 210 членов. Служение пресвитера несёт Нейфельд Андрей Викторович. Старшим пресвитером по Томской области является Колесник Василий Петрович. Сейчас в Томской области 7 церквей и 8 групп общей численностью 406 членов.
История Томской церкви евангельских христиан баптистов очень интересна. Приближаясь к своему 100-летнему юбилею, наша церковь уверенно смотрит вперёд, имея твёрдое обетование Иисуса Христа, сказавшего: «Создам Церковь Мою, и врата ада не одолеют её» (Мф. 16:18).